يرتبط المركز الوطني للبحوث الزراعية بالعديد من مؤسسات البحث الوطنية والدولية في مجال البحوث الزراعية، ومن أهمها:
- المركز العربي لدراسات المناطق الجافة والأراضي القاحلة (ACSAD)
- المركز الدولي للبحوث الزراعية في المناطق الجافة (ICARDA)
- منظمة الأغذية والزراعة (FAO)
- اتحاد مؤسسات البحوث الزراعية في الشرق الأدنى وشمال إفريقيا (AARINENA)
- معهد باري (CIHEAM Bari)
- معهد البحوث الزراعية الأردني
- التعاون التركي
- مؤسسة الابداع والتميز
- مؤسسة كاريتاس القدس (Caritas Jerusalem)
- مجلس النحل الفلسطيني
- الشركة الناشئة الفلسطينية (Snipe)
- الصليب الأحمر
- جامعة فلسطين التقنية (خضوري)
- جامعة النجاح الوطنية
- جامعة بوليتكنك فلسطين
- جامعة القدس المفتوحة
- الجامعة العربية الامريكية